一个是通过音频线，一个通过声卡处理。电脑上的CD-ROM或DVD-Rom都有音频线，直接接驳的结果也会与声卡输出不同。
由于输出信号制式参照了不同的标准(声卡参照的有国际标准也有厂家标准，相关文章很多，可以参看
http://arch.pconline.com.cn/pchardware/salon/audio/10211/106121.html，CD则使用相对来说比较统一的标准，比如I2S，可以参看
http://article.ednchina.com/CPUDSP/20070707023540.htm)，强弱肯定不同。
另外，iTunes也是一个影响因素之一，声卡的主要功能其实就是将电子格式或者说数字格式文件转换为最终的模拟信号输出，其中必然需要软硬件配合工作，甚至先调入电脑RAM内存，这其中信号的强弱自然经过多次处理，而直接由CD来播放，则全程由硬件来解决，并且不像电脑那样随机进入多线程的处理器和内存（包括高速缓存、二级缓存）处理。
你可以试试用系统自带的“CD唱机”播放器来试试，因为即使用Windows Media Player也一样有损耗。
